Como é de conhecimento da maioria dos fãs, a série Pokémon possui alguns episódios banidos, outros pulados e alguns simplesmente cancelados por motivos desconhecidos. Listamos nessa seção esses episódios, levando em conta apenas a exibição ocidental e japonesa do anime. É válido lembrar que a exibição brasileira é baseada na versão e edição estadunidense, e se o episódio não for exibido nos EUA, não será exibido no Brasil. Em outros países, como na Coréia do Sul, vários outros episódios não foram transmitidos por questões culturais.
Episódio 18 - アオプルコのきゅうじつ (Feriado em Aopulco) Este episódio foi banido nos Estados Unidos, e consequentemente no resto do ocidente, por mostrar James, em um concurso de beleza feminino, com seios postiços. Após ser banido da exibição americana original, foi ao ar em 2000, com o título de Beauty and the Beach. Mesmo tendo várias cenas cortadas, o episódio não voltou a ser exibido, assim como não foi ao ar em outros países ocidentais.
Episódio 35 - ミニリュウのでんせつ (A Lenda de Dratini) Este episódio foi banido no ocidente por mostrar o constante uso de armas de fogo, como a cena em que Kaiser, o guarda da Safari Zone, aponta uma arma de fogo à cabeça de Ash. É neste episódio banido que Ash captura seus 30 Tauros, gerando no ocidente um erro de continuidade. O episódio marca a presença de Dratini e Dragonair no anime.
Episódio 38 - でんのうせんしポリゴン (Porygon, o Soldado Elétrico) O mais conhecido dos episódios banidos. Foi banido internacionalmente após sua exibição no Japão, pois determinada cena e sua alternância constante de cores e luzes provocou cerca de 685 casos de epilepsia em crianças japonesas. Após o ocorrido a série ficou em pausa durante 10 meses no Japão, e o episódio 40 original (おおみそうかだよ! ポケットモンスター - É Véspera de Ano Novo! Pocket Monsters) nunca foi exibido. O Pokémon Porygon e suas evoluções nunca mais apareceram no anime.
Episódio 39 - ルージュラのクリスマス (Feriado à Lá Jynx) Este episódio foi o único banido após sua exibição. Depois do episódio ir ao ar, Carole B. Weatherford escreveu um artigo alegando que Jynx era baseada no esteriótipo afro-americano, gerando toda a repercussão já conhecida em torno do Pokémon. No Brasil o episódio continuou sendo exibido.
Episódio 250 - こおりのどうくつ! (A Caverna de Gelo!) Mais um episódio envolvendo o Pokémon Jynx. Foi banido fora do Japão pela ênfase no Pokémon "de aparência afro-americana", que ainda não possuía pele roxa, na época. Há também uma cena em que Brock, doente, delira imaginando a Enfermeira Joy no lugar da Jynx, e a beija.
Episódio 375 (AG101) - ゆれる島の戦い! ドジョッチVSナマズン!! (Batalha na Ilha do Terremoto! Barboach VS Whiscash!!) Banido antes mesmo de ir ao ar na televisão japonesa. Semanas antes da exibição prevista, houve um forte abalo sísmico no Japão. O episódio parecia ter relação com terremotos, e em respeito às vítimas, não foi exibido.
Episódio 394 (AG120) - サトシとハルカ!ホウエンでの熱きバトル!! (Ash e May! Batalhas flamejantes em Hoenn!!) O episódio é apenas um resumo dos principais acontecimentos da Advanced Generation até a exibição do mesmo. Foi apenas pulado nos Estados Unidos, pois o acharam desnecessário.

Episódio 514 (DP040) - サトシとヒカリ!新たなる冒険に向かって!! (Ash e Dawn! De frente à uma nova aventura!!) Mais um episódio com um resumo dos principais acontecimentos da saga, mas dessa vez, Diamond & Pearl. Também foi pulado nos Estados Unidos.

Episódio 680 e 681 (BW023 e BW024) - ロケット団VSプラズマ団!(Equipe Rocket VS Equipe Plasma Plasma!) Especial dividido em duas partes que apresentaria uma parte importante do enredo da série Best Wishes, assim como a introdução do Team Plasma à série. Não foi ao ar devido aos terremotos e tsunamis que devastaram o Japão em março de 2011. O episódio continha cenas de destruição e atentados, e não se sabe ainda se os episódios (ou mesmo uma nova versão) serão exibidos, mas é notável que a série sofreu drásticas mudanças para se adequar à falta desse especial.